员工离职时被扣1000元工资合法吗？

不合法，用人单位不得非法克扣员工工资。依据《劳动法》，非法克扣工资是违法行为，员工有权起诉维权。若被扣工资，可能面临经济损失及合法权益受损的不良影响。
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员工被扣工资，常见处理方式是协商、投诉或起诉。应先与用人单位协商，协商无果可向劳动监察部门投诉，或依法提起诉讼以维护自身权益。
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被扣工资不合法。处理方式如下：1.与用人单位沟通，了解扣款原因并要求合理解释；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、劳动合同等；3.向当地劳动监察部门投诉，寻求官方介入调解；4.如问题仍未解决，可咨询律师并考虑提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维权。